肺炎潜伏期(新冠肺炎潜伏期分布统计)
封城前一天从武汉归来,在老家自我隔离。虽然一直很健康,但每天还是提心吊胆,害怕自己是病毒携带者,传染给家人。看新闻上大家对潜伏期分布语焉不详,深感郁闷。官方说法如下
新型冠状病毒肺炎的潜伏期平均在7天左右,短的在2-3天,长的10-12天。
寻思着如果使用网络上公开的数据中外地人与武汉返乡人员的接触日期及发病日期肺炎潜伏期,能否自己统计出来一个潜伏期分布曲线。数据一般选取接触日期窗口很窄,发病日期比较明确的病例。
数据也可为其他数学建模与大数据分析提供帮助 -- 比如,知道了潜伏期分布,可以用在2019-nCov疾病传播的蒙特卡洛模拟中。这也算是为抗“疫”之战贡献点绵薄之力。
潜伏期统计结果如下,横轴为潜伏期,纵轴为病例个数。
现在积攒了430个病例(其中 1 人性别未知, 10人年龄未知)。发病最多的仍是第4天,中位数是7天,即有百分之50的人七天之内发病。从这两天的数据看,潜伏期14,15天的人曝出来的越来越多 -- 可能是因为外地人与武汉返乡人员接触后,如果他们的潜伏期超过14天,目前正是爆发期。之前很少能积攒到长潜伏期病例。潜伏期为5至8天的数据也有很大统计误差。
分布函数的后面有一个长尾, 目前不能确定长尾的准确性,因为有些病人与武汉人接触可能不止一次。
比如上面图中潜伏期21天的病例来自深圳的报道肺炎潜伏期,64岁女性,1月2日从武汉返深,23日发病。感染源头可能不是1月2日从武汉感染,而是1月8日或之前某天从丈夫处感染。
病例66(病例6妻子)
64岁女性患者,居住于深圳市龙华区。2019年12月26日与丈夫前往武汉旅游,返深后,丈夫8日发病,20日通报为确诊病例。该患者23日发病,24日入院就诊。目前情况稳定。
病例6:63岁男性患者,长居深圳,2019年12月29日到武汉旅游,2020年1月2日返深。8日出现不适,咳嗽、偶有气喘等症状,9日入院就诊。数据中男女比例 (共420例)
男性
女性
数据中年龄比例 (共429例)
按年龄统计
年轻人好像有两个发病高峰期。3,4天为一个。9,10天为另一个。随着统计样本越来越多,这个规律不再明显。
按年龄统计
年龄小于30岁的数据格外明显。年轻人有两个发病高峰期 -- 这两个峰分别对应一代与二代传染,或者是免疫力强与免疫力差尚不可知。
按年龄统计 > 40 岁
对所有年龄性别数据进行拟合
Weibull 分布函数
Lognorm 分布函数
数据来源
非常感谢各个省市地方的基层工作人员,搜集并公开了大量详细的接触日期,发病日期等数据。个人从公开信息中采集的数据包括下面几项,
exposed, confirmed, city, age, gender
接触日,发病日,城市,年龄,性别
因所附链接中存在太多个人隐私信息,原始数据来源已删除。各地曝出来长潜伏期的人越来越多,接触者中核酸检测为阳性却无症状之人也越来越多。很沮丧,不知接下来国家如何应对,社会如何运作。